Ban Quản lý Dự án có trách nhiệm triển khai các hợp phần của Dự án. Ban Quản lý Dự án đặt trụ sở ở Hà Nội và do Hai Đồng Giám đốc quản lý: Giám đốc Dự án phía Việt Nam do Tổng cục Du lịch bổ nhiệm và Giám đốc Dự án phía Cộng đồng Châu Âu do Uỷ ban Châu Âu bổ nhiệm.
Nhân sự của Ban Quản lý Dự án bao gồm một nhóm chuyên gia hỗ trợ kỹ thuật, trong đó có một Chuyên gia Đào tạo dài hạn (người Châu Âu), một Chuyên gia Quản lý Hành chính và Tài chính ngắn hạn (người Châu Âu) với tổng số 6 tháng làm việc trong 4 năm Dự án, các chuyên gia quốc tế và trong nước ngắn hạn với tổng thời gian làm việc tương đương 950 ngày trong 4 năm Dự án. Ban Quản lý Dự án bao gồm một đội ngũ dự kiến tối đa là 16 nhân viên Việt Nam, trong đó có 2 nhân viên do Tổng cục Du lịch cử sang.
Trong phạm vi các Kế hoạch hoạt động và ngân sách được Ban Chỉ đạo Dự án và Uỷ ban Châu Âu phê duyệt, Ban Quản lý Dự án có quyền chủ động về mặt kỹ thuật, hành chính và tài chính để triển khai và quản lý các hoạt động của Dự án. Hai Đồng Giám đốc cùng chịu trách nhiệm để đạt được kết quả Dự án và sử dụng hiệu quả các nguồn lực của Dự án.
Các nhân viên làm việc tạm thời sẽ được tuyển dụng theo từng công việc cụ thể khi có nhu cầu.